生物有机肥成套设备粉尘的控制可能是有机肥料加工厂的另一个主要问题, 生物有机肥成套设备特别是在干早或半干旱气候条件下，以城市污泥有机物、粉碎的草炭、粉碎的作物秸秆等为有机肥料加工原料，生物有机肥成套设备在搅动、粉碎过程中,小型颗粒就会在空中飞扬。在有机肥料加工过程中，要根据加工过程特点，采取相应的防止过多生成粉尘的方法。

(1) 生物有机肥成套设备搅拌环节粉尘的控制在发酵或晾晒过程，要进行搅拌 ，湿度较高时，粉尘不至于成为明显问题，而在搅拌干原料时通常产生粉尘。在发酵或原料混合过程中翻动时要注意原料的湿度:当原料中固体含量较高时容易扬起粉尘此时就应尽最减少翻动物料的次数。

(2) 生物有机肥成套设备粉碎过筛环节粉尘的控制粉碎筛分时，最容易起粉尘，应在封闭的发酵仓或室内进行。密封容器应备有空气收集和颗粒控制设备湿式涤气器或纤维过滤器。