生物有机肥制作设备对有机肥料类的要求是:施用腐熟的有机肥料，并对蛔虫卵死亡率、大肠杆菌值等提出了控制指标。生物有机肥制作设备经发酵加工生产的有机肥料、有机无机肥料对汞、镉、铬、铅、砷、氯离子、蛔虫卵死亡率、大肠杆菌值进行限定指标，城市垃圾农用也有相应的限定指标。

磷肥主要是对铬、镉、铅、汞、砷进行限量，三氯乙醛(酸)不得检出。矿质钾肥主要限定砷和氯离子:复混肥、各种作物专用肥对铬、镉、砷、铅、汞、氯离子、缩二尿等限量，三氯乙醛(酸)不得检出。

有机肥制作设备微生物肥料分类:固氮菌肥料、根瘤菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等。以上肥料均应符合无害化指标要求，微生物肥料的无害化指标应符合农业行业标准NY410 2000 N11-1000NY412-2000、NY413-2000的要求。