有机肥自动翻堆机每天将畜禽粪便等固体有机废弃物与秸秆等辅料混合物及发酵菌剂充分混合，用铲车均匀地送入有机肥自动翻堆机发酵池前端(原始空池前端1/8或翻倒完腾出的池前端18)，发酵物料在池内堆积厚度为.5-1.8米，靠高压风机强制通风和翻堆时物料与空气接触提供的氧气进行连续好氧发酵，使发醇物料快速腐熟、去水、干燥，发酵周期 7-8天。

在有机肥自动翻堆机纵横向行走机构的运送下，垂直提升机构将发酵物料从池内挖起提升到水平输送机构上，水平输送机构将发酵物料输送段距离 (8-10米)后落入池中，这样发醇物料就在池内产生一定的位移， 使物料在池内有规律、等距离的渐进式后移，每天从发酵池尾端将发酵好的物料 (一天的处理量，池长的18)用铲车运走，将发酵池前端腾出的空间 (一天的处理量，池长的18)补充新的发酵物料，从而形成了一种连续的发酵过程。

有机肥自动翻堆机发酵翻堆过程实现了全自动智能化控制。发酵后的物料堆成料堆储存的同时进行二次发酵，进一步腐熟并 去除部分水分。堆制一段时间 (根据生产任务及场地决定)后对其进行筛选、磁选去除其中的石块、铁件等，调整水分(晒干或烘干)即可作为粉状有机肥销售或用作有机肥造粒原料。