众所周知，法国科学家巴斯德先生发明的巴斯德消毒温度为60"C，小型有机肥发酵设备一般非芽孢微生物的营养体在此温度下，60 分钟即会失活。

小型有机肥发酵设备原料中绝大多数有害微生物、病虫、杂草种子，都无法承受连续5天以上60C的热处理。虽然芽孢杆菌的芽孢可以承受较长期限60C的高温，但其一旦在此阶段萌发，会短期内失活。所以，通常来说小型有机肥发酵设备5以上的高温可以作为无害化处理的基准温度。

若此时小型有机肥发酵设备不注意施肥方法，作物同样也会出现“过饱性”烧苗甚至死苗，究其原因，主要还是铵态氮挥发造成的伤害。