生物有机肥发酵设备畜禽粪便等农业废弃物的发酵腐熟过程，实际上主要是微生物的分解代谢过程。生物有机肥发酵设备只要有微生物菌群合适的“食物”，只要有微生物菌群适宜的生活条件，微生物菌群就会不遗余力的辛勤工作。

20 世纪以来，国内外多数专家都以生物有机肥发酵设备发酵原料的各项指标彻底稳定作为生态有机肥料腐熟的依据。生物有机肥发酵设备如果依据这种判定标准，有的农牧业废弃物即便是加入了微生物发酵菌种，发酵时间依旧能保持半年甚至年以上。

如果按照此种理论指导生物肥料的生产，必然使得腐熟有机肥的生产陷入漫长的过程，并且彻底腐熟的有机肥，由于氮素损失殆尽，养分含量往往达不到国家有机肥料的基本标准。从生产实践角度出发，经过充分翻堆，高温好氧发酵3~20天的有机物料，养分含量高，活性微生物菌群含量高，植物可利用代谢产物含量高、活性强，有害菌、杂草种子、蛔虫卵、大肠杆菌等危害性物质基本消失，水分含量基本达标，稍微经过后熟，可以达到有机肥料的国家标准，从体肥效果来看，短期发醉的有机肥料的土壤林肥效果优于彻底腐熟的有机物料，所以，笔者认为，这种半腐熟的生态有机肥发酵模式居市场化的生产模式，是国内普遍采用的生产方法，笔者认为生物有机肥发酵设备一般地放式发酵来说，高温好氧发醉 7天左右，充分翻地，发酵出来的生心有机肥料最好。