缓效态肥料生产全套设备还可以用矿物原料直接生产，如钾长石，除含钾外还含有钙、镁、铁等中微量元素可通过煅烧水淬法生产。

肥料生产全套设备有些矿石除含有所需微量元素外，还含有许多与之共生的重金属元素，这种矿石则必须将重金属通过化学处理进行分离，否则会给土壤带来危害。如铅锌矿生产农用硫酸锌，则需分离去除有害成分，一般采用溶解分离法。

肥料生产全套设备还可以用工业废渣废液生产，如冶金行业的炉渣，粉煤灰、废催化剂，往往含有钙、铁、硫等去除一些有害重金属元素，可以作为复合微肥施用。